KH2014 Suositus KH2014 Suositus

Tulosta

Geenitekniikkaan perustuvat menetelmät sieni-infektioiden diagnostiikassa

Lisätietoa aiheesta
9.3.2010
Markku Koskela

Mycopathologia lehden silsasieni-infektioita koskevan teemanumeron katsausartikkelissa «Kanbe T. Molecular approaches in the diagnosis of dermatophytosis. Mycopathologia 2008;166:307-17 »1 japanilainen asiantuntija T. Kanbe arvioi vuoteen 2007 mennessä julkaistujen alkuperäisjulkaisujen perusteella geenitekniikkaan perustuvien menetelmien osuutta silsan diagnostiikassa ja sen aiheuttajien tunnistamisessa ja karakterisoinnissa. Hän toteaa, että koska sienten morfologiset piirteet ovat osin samanlaiset eri lajien välillä, osin erilaiset saman lajin sisällä ja vaihtelevuutta esiintyy, sienten tarkka lajitunnistus morfologian avulla on vaikeaa. Geenitekniikka antaa mahdollisuuden tarkempaan lajitunnistukseen ja kantojen karakterisointiin kunhan tekniikat senhetkisestä paranevat ja tutkittua tietoa saadaan enemmän.

Molekulaarinen diagnostiikka toteutetaan tutkimalla joko mitokondriaalista DNA:ta (mtDNA) tai ribosomaalista DNA:ta (rDNA). Lajitunnistuksessa käytetään 18S rRNA -geenin lajispesifisiä eroja. Myös kitiinisyntaasi I (CHSI) ja topoisomeraasi II (TOP2) -geeneissä olevia eroja on käytetty dermatofyyttien tunnistamisessa. Käytännön ongelmana on sienilajien moninaisuus ja menetelmien hajanaisuus.

Silsan diagnosointi osoittamalla näytteessä olevan sienen DNA:ta

Diagnoosiin voidaan periaatteessa päästä joko etsimällä näytteestä sienille tunnusomaista DNA-rakennetta ja analysoimalla se sitten spesifisillä alukkeilla tai etsimällä näytteestä spesifisillä monistusmenetelmillä sienipatogeeneja. Edellisen ongelmana on, miten se erottaa samassa näytteessä olevat eri sienet toisistaan, samoin patogeenit kontaminanteista. Monistetun DNA-tuotteen jatkotutkimuksilla on osoitettu yhdessä työssä, että noin 10 % tapauksista on sekainfektioita, toisin sanoen ainakin kahta eri patogeenia. Jälkimmäisen menetelmän ongelmana on, miten se kattaa patogeenikirjon. Tästä mainitaan hyvä kompromissi (ks. myös «Brillowska-Dabrowska A, Saunte DM, Arendrup MC. Five-hour diagnosis of dermatophyte nail infections with specific detection of Trichophyton rubrum. J Clin Microbiol 2007;45:1200-4 »2), jossa kynsinäytteistä etsitään lajispesifisesti T. rubrumia ja sukutasolla pan-dermatofyyttialukkeilla muita silsasieniä.

Dermatofyyttisuvun ja -lajin tunnistaminen geenitekniikalla

Tähän on useita eri vaihtoehtoja, joista tässä mainittakoon sieniDNA:n monistaminen yhdistettynä DNA-fragmenttien standardoituun analyysiin (PCR-RFLP) ja sienen tietyn rDNA-pätkän monistaminen ja sen DNA-sekvenssin selvittäminen ja katsomalla sitten sekvenssikirjastosta, minkä sienen genomista on kyse. Katsauksessa esitetään esimerkkejä molemmista.

Geenitekniikka tietyn patogeenin ominaisuuksien tutkimisessa

Katsauksessa käsitellään T. rubrumin ja T. mentagrophyteksen epidemiologisia tutkimuksia, joilla on pyritty selvittämään, onko kannoissa geografisia eroja ja voidaanko lääkeresistenssiä molekulaarisesti osoittaa. Alustavat tulokset ovat vähäisiä. Lääkeresistenssitutkimukset eivät onnistuneet.

Katsaus antaa hyvän yleiskuvan geenitekniikan mahdollisista sovellutuksista silsan diagnostiikassa. Menetelmien käytännön suoritukseen ja soveltuvuuteen katsauksessa ei oteta kantaa.

Kirjallisuutta

  1. Kanbe T. Molecular approaches in the diagnosis of dermatophytosis. Mycopathologia 2008;166:307-17 «PMID: 18481195»PubMed
  2. Brillowska-Dabrowska A, Saunte DM, Arendrup MC. Five-hour diagnosis of dermatophyte nail infections with specific detection of Trichophyton rubrum. J Clin Microbiol 2007;45:1200-4 «PMID: 17267633»PubMed
Käypä hoito -suositukset ovat riippumattomia, tutkimusnäyttöön perustuvia kansallisia hoitosuosituksia. Lue lisää
LINKKIEN TYYPIT JA VÄRIKOODIT
Kirjallisuusviite
Kuva
Linkki toiselle sivustolle
Lisätietoa
Näytönastekatsaus
PDF-tiedosto
PubMed-abstrakti
Taulukko