Pienessä osassa pneumonioista aiheuttaja voidaan tunnistaa veriviljelyn avulla; arviolta 25 % pneumokokkipneumonioista on baktereemisia «Said MA, Johnson HL, Nonyane BA, ym. Estimating th...»1, H. influenzaen aiheuttamat vielä harvemmin «Said MA, Johnson HL, Nonyane BA, ym. Estimating th...»1, «Shoar S, Musher DM. Etiology of community-acquired...»2.
Kotisyntyisen keuhkokuumeen etiologiaa koskevissa tutkimuksissa yli puolet tapauksista jää yleensä vaille varmistettua etiologiaa, mikä useimmiten johtuu edustavan yskös- tai muun alahengitystienäytteen puutteesta tai siitä, että näyte saadaan vasta mikrobilääkehoidon aloittamisen jälkeen.
Mikäli hyvälaatuinen (> 25 neutrofiiliä ja < 10 epiteelisolua per näkökenttä 100 x suurennoksella) yskösnäyte saadaan, gramvärjäys ja bakteeriviljely ovat mahdollisia keinoja keuhkokuumeen bakteerietiologian määrittämiseen, joskin niiden hoitoa ohjaava arvo on rajallinen. 20 havainnoivaa tutkimusta kattaneessa meta-analyysissä ysköksestä tehdyn gramvärjäyksen herkkyys oli pneumokokin aiheuttamassa pneumoniassa 59 %, H. influenzaen aiheuttamassa pneumoniassa 78 %, S. aureuksen aiheuttamassa pneumoniassa 72 % ja gramnegatiivisten sauvojen aiheuttamassa pneumoniassa 64 %. Spesifisyys oli pneumokokkipneumoniassa 87 % ja muissa yli 95 % «Del Rio-Pertuz G, Gutiérrez JF, Triana AJ, ym. Use...»3.
Veriviljelyllä verifioiduista pneumokokkipneumonioista vain vajaassa puolessa (40–50 %) pneumokokki onnistutaan eristämään käyttäen tavanomaista ysköksen bakteeriviljelyä «Bartlett JG, Dowell SF, Mandell LA, ym. Practice g...»4. Yksittäisissä tapauksissa ja bakteerien lääkeresistenssin yleistyessä saattaa ysköksen bakteeriviljelystä olla hyötyä «Bartlett JG, Dowell SF, Mandell LA, ym. Practice g...»4. Jos alueella esiintyy avohoitopotilailla MRSA-kantoja (ns. community-acquired MRSA -kannat), vaikuttaa kotisyntyisen pneumonian yhteydessä yskösviljelystä löytynyt MRSA hoidon valintaan. Tällaiset MRSA-kannat ovat kuitenkin Suomessa pysyneet harvinaisina.