Estolääkityksen valintaan vaikuttavat oleellisesti potilaan muut (sydän)sairaudet.
Avohoidossa ensisijainen lääkevaihtoehto on yleensä beetasalpaaja. Varsinaisista rytmihäiriölääkkeistä
itsenäisessä eteisvärinässä ensisijaisia ovat ryhmän IC lääkkeet (flekainidi). Kinidiini
ja disopyramidi sopivat etenkin vagaalisen eteisvärinän hoitoon. Rakenteellinen sydänsairaus
on vasta-aihe ryhmän I rytmihäiriölääkkeille. Sotalolin käyttöä rajoittaa kääntyvien
kärkien kammiotakykardian vaara. Amiodaroni ja dronedaroni aiheuttavat monia sydämen
ulkoisia haittoja, mikä rajoittaa niiden käyttöä. ACE:n estäjät ja angiotensiini II
-reseptorin (AR-) salpaajat näyttävät estävän eteisvärinän ilmaantumista sydämen vajaatoiminnassa
ja verenpainetaudissa. Suluissa olevat lääkkeet ovat nykyään saatavana Suomessa ainoastaan
erityisluvalla.