Eteisvärinän rytminsiirto voidaan tehdä ilman edeltävää antikoagulaatiohoitoa, jos ruokatorven kautta tehdyssä sydämen kaikututkimuksessa (TEE) ei havaita sydämen sisäistä trombia. Ennen varhaista rytminsiirtoa aloitetaan antikoagulaatiohoito joko suoralla antikoagulantilla tai pienimolekulaarisella hepariinilla (LMWH) ja varfariinilla. Jälkimmäisessä tapauksessa sinusrytmin palautuessa jatketaan, kunnes INR on hoitotasolla. Suoraa antikoagulanttia käytettäessä LMWH:ta ei tarvita. Antikoagulaatiohoitoa jatketaan muiden riskitekijöiden mukaan vähintään kuukauden ajan tai pysyvästi. TEE-tutkimus edellyttää tekijältä hyvää kokemusta, mikä rajoittaa sen käyttöä.